Es el órgano de dirección de la Asociación que elige el Congreso con un mandato de dos años. Está compuesto por nueve miembros que actúan colegiadamente aunque contará con un portavoz/a. Se reúne con bastante periodicidad en sesiones de trabajo en las que se abordan las líneas maestras de la actividad del colectivo: relaciones institucionales, relaciones con los medios de comunicación social, política sindical, organización, relaciones internacionales, relaciones con la sociedad, etc.

Compete al Secretariado ejecutar los acuerdos de los Congresos y del Comité Permanente y formular a ambos propuestas para su deliberación. Al Secretariado corresponde pronunciarse en nombre de la asociación, ante la carrera judicial y la opinión pública, sobre diversos aspectos de política judicial o ante situaciones de especial relevancia social o política.

Con fecha de 14 de junio de 2024 se renovó en Vigo, los miembros del Secretariado, estando formada por las siguientes personas:

• Edmundo Rodríguez Achutegui, Magistrado de la Audiencia Provincial de Bizkaia Sección 4ª Civil.
• Juan Vacas Larraz, Magistrado del Juzgado de Primera Instancia nº 18 de Zaragoza.
• Diego Gutiérrez Alonso, Magistrado del Juzgado de Primera Instancia nº 9 de Zaragoza.
• María Concepción Roig Angosto, Magistrada de la Audiencia Provincial de Murcia Sección 3ª Penal.
• Begoña García Meléndez, Magistrada del Tribunal Superior de Justicia de Valencia. Sala Contencioso-Administrativo.
• Benjamín Sánchez Fernández, Magistrado del Tribunal Superior de Justicia de Madrid Sala 10ª Contencioso-Administrativo.
• Pedro Herrera Puentes , Magistrado de la Audiencia Provincial de Las Palmas de Gran Canaria Sección 1ª Penal.
• Helena Castells Ingla , Jueza del Juzgado de Primera Instancia nº 7 de Lleida.
• María Gavilán Rubio, Magistrada del Juzgado de Primera Instancia e Instrucción nº 3 de Arganda del Rey.