Anualmente se celebra el Congreso al que pueden asistir todos miembros de JJpD, cualquiera que sea su antigüedad, siempre que estén al corriente del pago de la cuota. Igualmente asisten invitados/as, nacionales e internacionales.
El voto es personal e indelegable, y se ejercita tras elegir una mesa compuesta por una Presidencia y dos vocales, uno/a de los cuales levanta acta.
Cada congreso escoge un tema central de discusión, que aprueba el Comité Permanente, pudiendo cualquier asociado/a, comisión o sección territorial elaborar y presentar ponencias y comunicaciones para su estudio o aprobación. No obstante, dado su carácter abierto, pueden proponerse individual o colectivamente, mociones o pronunciamientos sobre temas distintos, que son discutidos, aprobados o rechazados. Previamente a la celebración del Congreso se remiten las ponencias a los asociados/as para su estudio y valoración, que puede realizarse conjuntamente en cada sección territorial y comisión delegadas.
Cada dos años el Congreso tiene carácter electivo, dando cuenta el Secretariado saliente, órgano directivo, de su gestión, que tras un proceso de discusión y crítica se aprueba o desaprueba. En esos congresos, tras discutirse y elaborarse la política a seguir en el futuro, se renueva el Secretariado, que es elegido mediante voto secreto.
En los años intermedios se celebran Congresos extraordinarios o de estudio, en los que se reflexiona sobre temas de alcance jurídico y de práctica procesal.
Las Ponencias y conclusiones se publican en la Web.