Es el órgano de dirección de la Asociación que elige el Congreso con un mandato de dos años. Está compuesto por nueve miembros que actúan colegiadamente aunque contará con un portavoz/a. Se reúne con bastante periodicidad en sesiones de trabajo en las que se abordan las líneas maestras de la actividad del colectivo: relaciones institucionales, relaciones con los medios de comunicación social, política sindical, organización, relaciones internacionales, relaciones con la sociedad, etc.

Compete al Secretariado ejecutar los acuerdos de los Congresos y del Comité Permanente y formular a ambos propuestas para su deliberación. Al Secretariado corresponde pronunciarse en nombre de la asociación, ante la carrera judicial y la opinión pública, sobre diversos aspectos de política judicial o ante situaciones de especial relevancia social o política.

Con fecha de 14 de junio de 2024 se renovó en Vigo, los miembros del Secretariado, estando formada por las siguientes personas:

Edmundo Rodríguez Achutegui, Magistrado de la Audiencia Provincial de Bizkaia Sección 4ª Civil

Juan Vacas Larraz,Magistrado del Juzgado de Primera Instancia nº 18 de Zaragoza

Diego Gutiérrez Alonso, Magistrado del Juzgado de Primera Instancia nº 9 de Zaragoza

María Concepción Roig Angosto, Magistrada de la Audiencia Provincial de Murcia Sección 3ª Penal

Begoña García Meléndez, Magistrada del Tribunal Superior de Justicia de Valencia. Sala Contencioso-Administrativo

Benjamín Sánchez Fernández,Magistrado del Tribunal Superior de Justicia de Madrid Sala 10ª Contencioso-Administrativo

María Belén Tomás Herruzo,Magistrada del Juzgado de lo Social nº 42 de Madrid

Pedro Herrera Puentes, Magistrado de la Audiencia Provincial de Las Palmas de Gran Canaria Sección 1ª Penal

María del Prado Escoda Merino, Magistrada de la Audiencia Provincial de Tarragona. Sección 2ª Contencioso-Administrativo

Mª del Prado Escoda Merino

Magistrada de la Audiencia Provincial de Tarragona. Sección 2ª Contencioso-Adtvo