Constituyen la forma de organización territorial de Juezas y Jueces para la Democracia. Actualmente existen 17 secciones territoriales. Cada una de ellas designa democráticamente entre sus componentes, a sus coordinadores/as.

En sus reuniones se tratan aspectos relativos a la Administración de Justicia en su respectivo territorio y gozan de autonomía funcional dentro de sus áreas competenciales, denuncian las deficiencias que observan, se pronuncian ante la carrera judicial y sociedad sobre temas que atañen a su territorio, apoyan medidas asociativas como consideren preciso y elaboran informes, levantando de sus reuniones actas que remiten al Secretariado, dando cuenta de su actuación ante el Comité Permanente.

A la sección territorial competen las relaciones institucionales en el ámbito de sus respectivas Comunidades Autónomas.

Muchas de las Secciones Territoriales cuentan con listas de correo para comunicarse y algunas cuentan con chat en WhatsApp.

Anualmente elaboran las ponencias y comunicaciones que se presentan a debate al Congreso.