Es el órgano de dirección de la Asociación que elige el Congreso con un mandato de dos años. Está compuesto por nueve miembros que actúan colegiadamente aunque contará con un portavoz/a. Se reúne con bastante periodicidad en sesiones de trabajo en las que se abordan las líneas maestras de la actividad del colectivo: relaciones institucionales, relaciones con los medios de comunicación social, política sindical, organización, relaciones internacionales, relaciones con la sociedad, etc.

Compete al Secretariado ejecutar los acuerdos de los Congresos y del Comité Permanente y formular a ambos propuestas para su deliberación. Al Secretariado corresponde pronunciarse en nombre de la asociación, ante la carrera judicial y la opinión pública, sobre diversos aspectos de política judicial o ante situaciones de especial relevancia social o política.

Con fecha de 3 de junio de 2022 se renovó en Las Palmas de Gran Canarias, los miembros del Secretariado, estando formada por las siguientes personas:

Begoña García Meléndez, Magistrada del Tribunal Superior de Justicia de Valencia. Sala Contencioso-Administrativo

Diego Gutiérrez Alonso, Magistrado del Juzgado de Primera Instancia nº 18 de Zaragoza

Pedro Herrera Puentes, Magistrado de la Audiencia Provincial de Las Palmas de Gran Canaria Sección 1ª Penal

Ascensión Martín Sánchez, Magistrada del Tribunal Superior de Justicia de Murcia. Sala Contencioso-Administrativo 

Edmundo Rodríguez Achutegui, Magistrado de la Audiencia Provincial de Bizkaia Sección 4ª Civil

María Concepción Roig Angosto, Magistrada de la Audiencia Provincial de Murcia Sección 3ª Penal

Benjamín Sánchez Fernández, Magistrado del Juzgado de lo Contencioso-Administrativo nº 1 de Toledo

Bibiana Segura Cros, Magistrada del Juzgado de Primera Instancia nº 5 de Hospitalet de Llobregat

Juan Vacas Larraz, Magistrado del Juzgado de Primera Instancia nº 2 de Lleida

Viceportavoz de JJpD

Magistrado de la Audiencia Provincial de Bizkaia Sección 4ª Civil